Межрегиональный учебный центр был открыт в 1999 году. На сегодняшний день МУЦ является одним из 11 образовательных учреждений в России, которые осуществляют профессиональное обучение и переподготовку сотрудников учреждений и органов уголовно-исполнительной системы.