3 ноября 1999 года приказом Министерства юстиции Российской Федерации № 313 был образован Межрегиональный учебный центр. Всего за время существования образовательного учреждения в его стенах прошли обучение более 12 тысяч сотрудников пенитенциарного ведомства почти из всех регионов Российской Федерации.